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Text File  |  1995-03-04  |  1.5 KB  |  31 lines
  1. ***********************************************************
  2. * Prokaryotic transcription elongation factors signatures *
  3. ***********************************************************
  4.  
  5. Bacterial proteins   greA  and  greB  [1]  are  necessary  for  efficient  RNA
  6. polymerase transcription elongation  past  template-encoded  arresting  sites.
  7. Arresting sites  in  DNA  have  the property of trapping a certain fraction of
  8. elongating RNA polymerases  that  pass  through, resulting in  locked DNA/RNA/
  9. polymerase ternary  complexes.  Cleavage of the nascent transcript by cleavage
  10. factors, such  as  greA or greB, allows  the resumption of elongation from the
  11. new 3'terminus.  GreA  induces cleavage 2 or 3 nucleotides behind the terminus
  12. while greB releases longer sequences up to 9 nucleotides in length.
  13.  
  14. GreA and greB are related proteins  of about 160 amino-acid residues.  We have
  15. developed two   signature   patterns   for  this  protein  family.  The  first
  16. corresponds to  a  conserved region in the N-terminal section, the second to a
  17. region in the C-terminal section.
  18.  
  19. -Consensus pattern: T-x(2)-G-x(2)-K-L-x(2)-E-L-x(2)-L-x(4)-R
  20. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  21. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  22.  
  23. -Consensus pattern: S-[LIVM]-x-S-P-[LIVM]-A-[KR]-x-[LIVM](2)-x-K-x(3)-D
  24. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  25. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  26.  
  27. -Last update: October 1993 / First entry.
  28.  
  29. [ 1] Borukhov S., Sagitov V., Goldfarb A.
  30.      Cell 72:459-466(1993).
  31.